Présentation
La plateforme Protéomique offre aux chercheurs des différentes unités de la structure fédérative régionale SFR du site de l'Hôpital Paul Brousse des compétences et services permettant d'intégrer des approches protéomiques dans le développement de leurs projets de recherche. Cette plateforme est également ouverte aux chercheurs d'autres laboratoires publics ou privés.
Expertise :
• Identification de protéines
• Identification de de complexes protéiques
• Protéomique quantitative
• Caractérisation de modifications post-traductionnelles
• Analyses bioinformatiques des données
Equipements
Robot de digestion DigestProMSi
Robot de digestion DigestProMSi (intavis)
Ce robot permet la digestion simultanée de 96 échantillons (bande de gel 1D ou 2D).
Il effectue automatiquement les étapes essentielles pour la digestion enzymatiquedes protéines,
étapes préalables à l’analyse par spectrométrie de masse : décoloration des bouts de gel,
réduction, alkylation, digestion enzymatique et élution de peptides
Chromatographie Ultimate 3000 Système
Une chromatographie Ultimate 3000 Système RSLCnano (Dionex, Thermo Fisher)
Ce système RSLCnano Dionex Ultimate 3000 a été conçu pour optimiser les séparations jusqu’au nano-débit et faciliter le couplage à la spectrométrie de masse afin de fournir la meilleure résolution, sensibilité et sélectivité aux applications de la nano LC et de la protéomique.
Configuration par défaut :
- Pré colonne PepMap C18 (100µmX2 cm), 5 µm, 100Å
- Colonne PepMap C18 (75µmX15 cm), 3 µm, 100Å
Injecteur automatique : 3 racks de 40 vials chacun
Pilotage : Chromeleon
Date d’installation : 2012
Spectromètre de masse LTQ-Orbitrap Velos
Spectromètre de masse LTQ-Orbitrap Velos (Thermo Fisher)
• Source nanoelectrospray (nanoESI)
• Gamme de masses : m/z 50-2000
• Fragmentation CID
• Sensibilité : de l’ordre de fentomole
• Pilotage : Xcalibur 2.0.7
• Traitement des données: logiciel Proteome Discoverer avec le moteur de recherche Sequest
Le LTQ- Orbitrap Velos est couplé à la nono LC Ultimate 3000 (Dionex, Thermo Fisher).
Date d’installation : 2012
Système SpeedVac Savant SPD1010
Système SpeedVac Savant SPD1010 (Thermo Fisher)
Système idéal pour le séchage et concentration des échantillons peptidiques aqueux soit sur deux plaques ou dans des tubes avec l'utilisation de rotors interchangeables.
Prestations de service / Tarifs
Avant tout envoi d'échantillon, veuillez compléter la fiche de demande d’analyse (téléchargeable ci-contre) et nous la retourner.
Fichier demande d'analyse
- DEROULEMENT D’UNE PRESTATION
La plateforme protéomique propose un service de caractérisation à haut-débit des protéines par des analyses de type NanoLC-MS/MS d’une durée d’une heure (chromatographie liquide nano débit (Dionex Ultimate 3000)) couplée à un spectromètre de masse (LTQ-Orbitrap Velos) et divers outils bio-informatiques.
- Présentation du projet par le demandeur via le formulaire de demande d’analyse.
- Discussion avec le responsable de la plateforme.
- Validation de la stratégie par l’acceptation du cahier des charges par le client et par la plateforme
- TRAITEMENT DES ECHANTILLONS
- Respecter des consignes de préparation décrites dans le guide de préparation des échantillons joint dans la demande d’analyse.
- Dès réception, application de meilleures conditions de stockage possibles aux échantillons, en fonction de leur nature (température ambiante, réfrigérateur, congélateur…)
- Utilisation d’un robot préparateur d’échantillons (décoloration, réduction des ponts disulfures, alkylation des cystéines, digestion trypsique et extraction des peptides)
- Analyse des protéines digérées grâce à une chaine nanoLC-MS/MS (Dionex U3000 et LTQ-Orbitrap Velos).
- Identification des peptides et protéines via le logiciel Proteome Discoverer 1.4 (Sequest) ou le logiciel Maxquant (Andromeda).
- Résultats rendu par la plateforme sous forme de tableaux Excel
- Disponibilité de la plateforme pour toute question sur les résultats obtenus, leur valorisation ou la poursuite du projet.
| Tarification HT |
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Interne |
Externe |
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Traitement d’un échantillon (Robot digestion)
+ Analyse LC-MS/MS + Recherche banque de données
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30€
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50€
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Infos pratiques
Principaux sites « analyses protéomiques » et d’interrogation des bases de données :
